私の場合、削除しないのは技術屋の性といいますか、常に後戻りできるようにしますので。
デフォルトの入力書式にフィルタを加えるのではなく、デフォルトのはそのまま置いておいて、新規に入力書式を追加するのもそうだったりします。

使用不可で編集できなくなるというのは、まあ判らなくもないです。
例えば、adminだけフルHTMLの入力書式が使用可の状態で、adminがその書式で書いたノードは他のユーザは編集不可となるわけです。これはこれで、ある意味筋が通っていると思います。

ですから、多分、後から入力書式を使用不可にする方がイリーガルなんでしょう。考え方によっては、それがベストではないと思いますが。